Das Kristallstruktur-Depot ist älter als die Datenbank ICSD. Vor mehr als 25 Jahren begann FIZ Karlsruhe Kristallstrukturdaten zu deponieren, zunächst nur für Publikationen, die in deutschen Zeitschriften erschienen sind. Damals war es unerheblich, ob es sich um organische oder anorganische Verbindungen handelte. Heute ist FIZ Karlsruhe dafür verantwortlich, Kristallstrukturdaten von anorganischen Verbindungen zu deponieren; Kristallstrukturen organischer Verbindungen werden vom Cambridge Crystallographic Data Center gespeichert.
Anlass für den Aufbau des Depots war die Erkenntnis, dass wichtige Kristallstruktur-Informationen in vielen Publikationen fehlten. Seitdem weisen zahlreiche Verlage ihre Autoren darauf hin, dass parallel zu einer Publikation Kristallstrukturdaten im CSD-Depot gespeichert werden sollen. Für jeden Datensatz wird eine CSD-Nummer vergeben, auf die später in der Publikation hingewiesen wird. Interessierte Leser können diese Daten kostenlos bei FIZ Karlsruhe anfordern.